Desmond Miles é um bartender que é seqüestrado por uma poderosa empresa chamada Abstergo. Embora em cativeiro, Desmond é informado de que ele pode usar uma máquina chamada Animus, criado pelas indústrias, para reviver as memórias de seus ancestrais. Ele aceita usar a máquina, e revive as memórias de seu ancestral, Altaïr ibn-La'Ahad.Altaïr, antepassado de Desmond, é um assassino desonrado porque ele quebrou os três princípios da crença dos assassinos. Estes são, 1. Nunca matar uma pessoa inocente, 2. Sempre ser discreto, 3. Nunca comprometa a fraternidade. Durante a jogatina você tenta reconquistar a honra de Altaïr, viajando para cidades como Damasco, Acre , Jerusalém e Masyaf. E aceitando contratos e eliminando seus alvos
